1、未来使用费用不同：商住两用房一般水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。而普通住宅一般是按照民用水电费标准收费的，价格比较低。
2、相关税费的差异：普通住宅项目初次购买和未来转让时契税为1.5%，而商住两用房50年产权的住宅，其契税按3%缴纳。
3、贷款条件的限制：购买此类房屋大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭。
4、建设标准不同：如果按照公建相关要求，前者的人防和消防等建设标准较高，对开发商而言，成本将提高。
5、土地性质不同：商住房是商业用地或综合用地，住宅则是住宅用地，商业用地一般用于规划商业、娱乐、经营性建筑，综合用地一般用于规划商业和住宅，住宅用地规划住宅。
6、使用年限不同：商住房的使用年限为40或50年，住宅则为70年。
7、产权到期规定不同：住宅的使用权到期后一般会自动延续，非住宅则要根据相关法律规定，做出有偿补偿。
1、商住两用房一般不能落户：
商住两用房一般无法迁入户口，这意味着即使周边区域内有较好的教育资源，子女因户口不能迁入也无法就近入学。这无形中造成了业主生活、学习上的不便。
2、“商住两用”房生活成本高：
商住两用房的水、电和物业费用的都是商用标准，远高于住宅项目，各种税费等也要高于普通住宅。也就是表示购房者要承受较高的生活成本。
3、商住两用房安全问题也值得担忧：
商住两用房将商和住混杂在一起，名为既可“商”也可“住”，实则给双方都带来了很多麻烦。在某业主论坛上，许多业主发的帖子反映商户严重扰民，有的反映商户晚上营业时间结束太晚等。