克孜勒苏柯尔克孜自治州辖阿图什市、阿克陶县、乌恰县、阿合奇县3县,下辖3个街道、39个乡镇(场)。自治州首府是阿图什市。克孜勒苏柯尔克孜自治州位于新疆维吾尔自治区西南部。其地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘,自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤,边境线长达1195千米。
东部与阿克苏地区相连,南部与喀什地区毗邻,全州东西长约500千米,南北宽约140千米,面积7.25万平方千米。