格式合同在订立时，对于合同提供者相对方来讲，没有进行充分协商的机会，而格式合同常隐含有将损害其利益的内容，使处于强势地位的合同提供者得到不合理的利益。为了维护合同平等、公平及诚信原则，解释格式合同时，应遵循一些特殊的规则。我国《合同法》第41条规定：“对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款”。根据该规定，对格式合同的解释有三项特殊的解释规则：
1.按照通常理解解释。对于当事人理解上有争议的格式条款，裁判者应当以可能订约者订约时的平均合理的理解为标准进行解释，而不应以条款提供者的理解进行解释;如果该条款所涉及的术语或相关知识不能被可能订约的相对人平均理解能力所理解，则格式条款提供者不能主张该条款具有特殊含义;如果该条款所适用的对象本身具有专门的知识，并能理解该条款的特殊含义，则应就条款所适用的术语的特殊含义作出解释。
2.不利解释。如果提供格式条款的一方和另一方当事人对格式条款的理解不一致，且双方的理解均言之有据，裁判者应采用不利于格式条款提供方当事人的理解。罗马法谓之：有歧义应为表意者不利益解释。格式条款的提供者应对该条款的表述负责，承担由于其表达不清楚而导致的风险。
3.如果当事人的合同就同一权利义务约定有两个条款文本，一个是格式条款，一个是非格式条款，两者约定内容不一致，则应采用非格式条款确定当事人的合意，即在效力上非格式条款优于格式条款。
需要指出的是，尽管格式合同与非格式的一般合同存在着诸多差异，但格式合同在性质上仍属于合同，因此，格式合同解释的特殊规则，并不能取代合同解释的一般规则，也不能排除一般解释方法的运用。在解释格式合同时，《合同法》第125条所规定的合同解释的一般规则对其仍然适用，也应成为解释格式合同的重要方法。另外：
1.不利解释方法，不应理解为一旦当事人对格式条款有异议，即作出不利于条款提供者的解释，而应该是在采用其他方法得出两种合理结果时，选择其中不利于条款提供者的解释。
2.不利解释实质应是作不利合同强势方的解释。不利解释方法的设立，目的是为保护善意的弱者，防止处于意思表示强势方的当事人，故意使用具有多义性的用语，以致在履行中损害了相对人的利益。如格式条款提供者在缔约时处于相对弱者的位置，则不宜机械地作不利于提供者的解释，而应取不利于强势方的理解。