重庆石宝寨的历史悠久，有上千年的历史文化，除了风景优美之外，景区也留下了不少历史传说故事，这些故事也能让游客更加的了解石宝寨，具体有哪些呢？
传说在远古时候，火神祝融同水神共工相斗，共工败阵下来后，便一头触向不周山(不周山是传说中的擎天柱)。霎时间天崩地裂，地动山摇，天河中的水倾泻而下，大地一片汪洋。
人们的呼救声和万物的哀嚎声，惨不忍暏。哭声和哀声惊动了女媧娘娘。女媧见此景，便採集了五色石炼石补天。她用了三万六千四百九十九块石头，终于补好了天，天河里的水不再下泻。从此天空出玌了星光璨烂，银河闪闪，五彩云霞，绚丽壮观的景象。
但是，地面上的洪水仍然凶猛横行。女媧娘娘又斩妖除孽，以固定大地。並帮助大禹疏通河道，使洪水归回大海。带领人们上岸居住，人们安居乐业，大地万物得以重生。
然而，在九州四部中的四川，仍然是洪水泛湧不止。原来，在四川境内忠州附近有一亇洞眼，与大海相通。洞内有共工的一员大将，名相柳，因不甘被打败，常从此洞出来兴风作浪，残害生灵。
闻得此消息，女媧决心除害，便取出隨身带的玉印，将相柳擒拿，镇在洞内。用玉印塞住洞眼，海水不再湧出来了。玉印落地生根后便化作孤峰，峙立在洞眼上。
这块玉印原是一块五色石，是女媧补天后遗留下的一块五色石，它聚万石之精，藏天地之灵，因与补天无缘，被女媧缩变成印章般大小，女娲把它揣在怀中，上有“女媧之印，扶正祛邪，无材补天，志在除害”十六亇字，让这块五色石为民镇害，保四方民众能安宁地生活。
人们怀念女媧娘娘，便把这座孤峰叫作“玉印山”。在岩壁边依岩建十二层阁楼，直上峰顶，在峰顶上修庙宇纪念女媧娘娘。曾有人赞曰：
危楼照朝暾，画阁迷夕烟。
巍然接云汉，气象雄万千。
相传八仙之一的何仙姑，在云游四方时，驻足云头小憩。只见下界仙气袅绕，甚是诧异，拨开云彩后，便见到玉印山。
何仙姑见此山巍峨矗立，险峻奇特，江水犹如柔软的纱巾飘逸在山下，四周古木密林，长藤倚壁攀援，风调雨顺，真是一处仙山，便在石壁上写下“小蓬莱”三字，化长藤为栈道，建屋居畄于此山。百姓便叫此山为“小蓬莱山”。
何仙姑在峰顶种草药，下山为百姓医治疾病，赠给药物不收取分文，深得百姓爱戴，百姓称她是“活仙姑”。
一日，为百姓治病后返回山时，在路上见一亇生病的小女孩，躺在路边，女孩父母双亡，孤苦伶仃，众人叹息。何仙姑观其病情，倘若及时医治，就能复原。便将小女孩带回山上，尽心调治。
不多日，小女孩病情转好。何仙姑见小女孩聪慧伶俐，便收养了她，取名石宝。在何仙姑的传授指点下，石宝姑娘学会了种植药材。何仙姑又传授医道给石宝姑娘，跟随何仙姑去为穷人治病。
石宝姑娘由一亇小女孩，渐渐长大，变成为一亇亭亭玉立的姑娘，随着何仙姑为百姓治病时，人们称赞石宝姑娘是天上下凡的仙女，对她亲热有加。这时，有居心不良的人，便打起石宝姑娘的主意来。
一天，何仙姑要到天上瑶池去与八仙会面。临行前，何仙姑嘱咐石宝姑娘留在山上看家。
这时，有忠州一恶人地痞，趁何仙姑离山不在时上山，欲加害于石宝姑娘，石宝姑姑娘誓死不从。几经反抗，终因敌不过恶人，而被恶人害死。
顿时，山顶上乌云满布，雷电大作，山上天崩地裂一般。恶人心惊胆颤地放火烧毁栈道，逃离下山。
何仙姑得知石宝姑娘宁死不从，被恶人所害的消息，便赶回忠州。遇到正在逃离的恶人，何仙姑便将恶人处死。
何仙姑上山，见石宝姑娘躺在血泊之中，甚感悲痛不已，便将石宝姑娘化作山鹰成仙，随她升飞而去。
人们为怀念石宝姑娘，把此山又叫“石宝”、“石宝山”。
唐代诗人李白少年时到万州求学，船到忠州时，便弃舟上岸观光。在路途中，相遇秦公子。秦公子慷慨洒脱，待人大方。李白与秦公子相叙，上至天地文史，下至风土人情，你吟我唱，毫无拘束。
聊后，俩人更是志同道合，十分投缘，只是觉得相见恨晚，俩人逐结为忘年之交。秦公子便刻意留李白在府上多住几日，以便请教，並相约日后一同探访小蓬莱山。
相传，在蓬莱山上观日出，是最佳的美景，于是，李白与秦公子约定：次日清晨日出前登山观景。
次日清晨，李白与秦公子一道登蓬莱山。站在山顶古木大树之下，苍藤翠竹之间，眺望远处的群峰绵延，江岸风景一览无余。只见长江水如白练，曲折蜿蜒，江风阵阵，沁人心脾。小蓬莱山在云雾缭绕之中，庙宇塔亭时隐时现。
山下的忠州古镇象披上了一层薄薄的轻纱，如“欲抱琵琶半遮面”的少女姿容，展露在人们眼前。
此时，一轮朝阳喷薄而出，映照着晨雾中的群峰，和忠州古城，由江岸上城的数百级石梯，在朝霞中显得格外触目。
蓬莱山云借峰抬，峰入云天，达到了天云合一的完美境界，好似蓬莱仙山返人间。李白不禁触景生情，说道：如此仙界美景，不枉来一程也。遂在石岩壁上挥笔写下《连云》两字，並题诗赞道：
霞映孤峰峙江滨，孑孓蓬莱在凡尘。古木绕壁壁峻伟，彩霓缠峰峰连云。
上矗峨嵋难攀顶，下屹此峰不能登。何日乘龙跃山脊，普洒霞光济苍生。
这首诗道出了诗人李白思想上“普洒霞光济苍生”的崇高境界，对忠州石宝山美景的赞美，后人称颂。
从此，人们又把此山叫做“连云山”了。
石宝山原有木栈道，供人们上下山使用，被恶人烧毁后，便无人能登上山顶了。后来，又有人在绝壁上凿洞重修栈道，供上香敬佛的人上下。但是，因山陡路险，常有人跌下摔死。
人们想重修栈道的想法，得到当地贤绅邓举人支持，邓举人便发动乡绅百姓有钱出钱，有力出力，募款重修栈道。请来著名匠人游天凤设计修建。但是，所设计的方案历经数次修定，均不满意。大家为苦无好的方案施行，而苦恼不堪。一日，邓举人和游天凤的徒弟一道，重到连云山勘查，以便找寻适合地宫重新设计方案建道。当邓举人一行到达连云山，正在山脚周围观察地形，这时，只见一岩鹰紧贴着连云山岩壁盘旋而上，直至山颠方才飞去。遥望山鹰盘旋而去，大家迷惑不解。正在纷纷议论之时，匠人游天凤突然一拍拍头说道：有了。原来，游天凤从山鹰飞行中得到启示，便开始重新设计图纸。
经过反复多次设计后，均无良图可解决栈道的安全、稳定性问题。
一日寐中，游天凤见一山鹰飞入卧室内，口中衔一卷纸，放在桌上，叫了几声，旋而飞去。游天凤拾起纸看，是一幅塔形阁楼图，高兴之至便叫起来，原来是在梦中。
“十二楼阁矗江岸，山鹰盘旋解疑难。”然而，梦中之景历历在目，他当即回忆自己梦中的情景，绘下梦中塔形阁楼图，又对外观进行美化，不久，新的塔形阁楼图就画好了，栈道就设立在阁楼内，依附山崖绝壁盘旋而上，共十二层直上山顶。大家一看称道不已，决定选址在临江面山崖处，按图重新施工。经过忠州百姓数载艰辛，终于建成我们今日所见：面对浩浩大江、群山峻岭，十二楼阁巍峨矗立于江岸的宏伟壮丽景观。有人说所碰到的山鹰盘旋山崖，就是石宝姑娘来到凡间，相助人们修建十二层阁楼的。大家感谢山鹰降临凡间，为忠州百姓解疑难，相助重修栈道，纷纷到山上朝拜石宝姑娘，为她添香祈祷。正是：
日照孤峰江岸立，古藤绝径白云依。
万川可掬大江近，明月凌霄河汉低。
十二层楼借崖驻，蓬莱仙岛任君题。补天遗石逐杨柳，讬梦山鹰解惑疑。
忠州义军抗清兵明末清初，有忠州渔民姚天栋带领义军造反，在石宝山上安营扎寨，与清兵对抗。清朝政府便派兵围困石宝山达三个月，断粮断水，妄图困死义军。
义军毫不惧怕，得庙里的和尚相助，打开峰顶上的鸭子洞，用洞内的泉水、鱼虾补充食用。
山上的义军们又施计蒙暪清军，大造声势，山上战马嘶呜，鼓声昼夜不绝，杀声震天，吓得清兵人人自危。
当地百姓纷纷传言：石宝山上有天兵天将助阵，所以义军有吃有穿，不愁吃喝，围它三亇月也饿不死。有人编歌谣传播四方：“远看崭崭平，近看半天云。莫道山不大，内藏百万兵。围它三个月，欲破万不能。好个石宝寨，硬是有天神”。
清兵首领听见歌谣，又见石宝山久攻不下，义军久困不死，怀疑确有神仙相助，无奈只得撤兵。
从此，石宝山更加远近闻名。人们远望玉印山上的庙宇，山寨房舍依然可见。所以，人们又叫石宝山为“石宝寨”。原来的名称：玉印山、小蓬莱、石宝、石宝山、连云山，却被人们渐渐淡忘了。